Something

<?php
	// Resivimos nuestra sequencia
	$seq = $_POST['sequence'];
	
	// Pasamos a mayusculas nuestra secuencia
	$seq = strtoupper($seq); 
	
	// Generamos numero aleatorio
	$random = rand(1, 1000);
	$seqrand = "sequence".$random;
	$prorand = "program".$random;
	
	// Creamos archivo con nombre aleatorio donde guardamos nuestra secuencia
	$file = fopen($seqrand, "x");
	fwrite($file, $seq);
	fclose($file);
	
	// Creamos script 
	$file = fopen($prorand, "x");
	fwrite($file, "hmmpfam hmm_db " . $seqrand);
	fclose($file);
	
	// Asignamos permisos de ejecución
	system("chmod 777 " . $prorand);
	system("./".$prorand . ">>output");
	
	// Imprimimos en pantalla nuestros resultados
	$output = shell_exec("cat output");
	echo "<pre>$output</pre>";
?>