All pastes #249942 Raw Edit

Something

public java v1 · immutable
#249942 ·published 2006-11-16 12:09 UTC
rendered paste body
public class AAMapping {		private static byte[] aaToNumMap;	private static byte[] numToAAMap;	private static final int AACOUNT=20;	/**	 * Map amino acid characters to sequentially acending numbers 	 * 	 * @param aa AA character	 * @return	 */	public static byte mapAAToNum(byte aa) {				if (aaToNumMap == null) {			aaToNumMap = new byte[256];			for (int i=0; i<256; i++)				aaToNumMap[i] = -1;			aaToNumMap['A'] = 0;	aaToNumMap['C'] = 1;	aaToNumMap['D'] = 2;			aaToNumMap['E'] = 3;	aaToNumMap['F'] = 4;	aaToNumMap['G'] = 5;			aaToNumMap['H'] = 6;	aaToNumMap['I'] = 7;	aaToNumMap['K'] = 8;			aaToNumMap['L'] = 9;	aaToNumMap['M'] = 10;	aaToNumMap['N'] = 11;			aaToNumMap['P'] = 12;	aaToNumMap['Q'] = 13;	aaToNumMap['R'] = 14;			aaToNumMap['S'] = 15;	aaToNumMap['T'] = 16;	aaToNumMap['V'] = 17;			aaToNumMap['W'] = 18;	aaToNumMap['Y'] = 19;			}		return aaToNumMap[aa];	}		/**	 * Reverse function of mapAAToNum	 * 	 * @param num	number code	 * @return	 */	public static char mapNumToAA(byte num) {		if (numToAAMap == null) {			numToAAMap = new byte[AACOUNT];			numToAAMap[0] = 'A';	numToAAMap[1] = 'C';	numToAAMap[2] = 'D';			numToAAMap[3] = 'E';	numToAAMap[4] = 'F';	numToAAMap[5] = 'G';			numToAAMap[6] = 'H';	numToAAMap[7] = 'I';	numToAAMap[8] = 'K';			numToAAMap[9] = 'L';	numToAAMap[10] = 'M';	numToAAMap[11] = 'N';			numToAAMap[12] = 'P';	numToAAMap[13] = 'Q';	numToAAMap[14] = 'R';			numToAAMap[15] = 'S';	numToAAMap[16] = 'T';	numToAAMap[17] = 'V';			numToAAMap[18] = 'W';	numToAAMap[19] = 'Y';			} 		return (char)numToAAMap[num];	}}