pastebin - Mine - post number 2149764

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# A fatal error has been detected by the Java Runtime Environment:

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#  SIGSEGV (0xb) at pc=0x0057c8ec, pid=302, tid=1444842384

#

# JRE version: 6.0_26-b03

# Java VM: Java HotSpot(TM) Server VM (20.1-b02 mixed mode linux-x86 )

# Problematic frame:

# C  [libc.so.6+0x718ec]  unsigned long+0x1c

#

# If you would like to submit a bug report, please visit:

#   http://java.sun.com/webapps/bugreport/crash.jsp

# The crash happened outside the Java Virtual Machine in native code.

# See problematic frame for where to report the bug.

#

 

---------------  T H R E A D  ---------------

 

Current thread (0x083e3800):  JavaThread "main" [_thread_in_native, id=323, stack(0x56198000,0x561e9000)]

 

siginfo:si_signo=SIGSEGV: si_errno=0, si_code=1 (SEGV_MAPERR), si_addr=0x56220000

 

Registers:

EAX=0x08789c60, EBX=0x56253abc, ECX=0x00000179, EDX=0x5621d653

ESP=0x561e6bbc, EBP=0x561e6be8, ESI=0x5621fffe, EDI=0x0874a53d

EIP=0x0057c8ec, EFLAGS=0x00010206, CR2=0x56220000

 

Top of Stack: (sp=0x561e6bbc)

0x561e6bbc:   5624f015 08747bc0 5621d681 00002f61

0x561e6bcc:   083e2e2c 00002f63 00006275 00002f61

0x561e6bdc:   56253abc 0857fe48 00000000 561e6c18

0x561e6bec:   5624f2fb 0857fb18 0857fe48 00000000

0x561e6bfc:   00000000 00000000 00000000 5ee7d66f

0x561e6c0c:   56253abc 561e6c60 083e3920 561e7088

0x561e6c1c:   562460f9 0857fb18 561e6c60 00000021

0x561e6c2c:   00000021 561e6c60 20303037 00000000

 

Instructions: (pc=0x0057c8ec)

0x0057c8cc:   07 00 66 90 8b 4c 24 0c 89 f8 8b 7c 24 04 89 f2

0x0057c8dc:   8b 74 24 08 fc d1 e9 73 01 a4 d1 e9 73 02 66 a5

0x0057c8ec:   f3 a5 89 c7 89 d6 8b 44 24 04 c3 90 90 90 90 90

0x0057c8fc:   90 90 90 90 55 89 e5 83 ec 0c 89 74 24 04 8b 75

 

Register to memory mapping:

 

EAX=0x08789c60 is an unknown value

EBX=0x56253abc: <offset 0x10abc> in /global/scratch/mavc/software/jre1.6.0_26/lib/i386/libzip.so at 0x56243000

ECX=0x00000179 is an unknown value

EDX=0x5621d653 is an unknown value

ESP=0x561e6bbc is pointing into the stack for thread: 0x083e3800

EBP=0x561e6be8 is pointing into the stack for thread: 0x083e3800

ESI=0x5621fffe is an unknown value

EDI=0x0874a53d is an unknown value

 

 

Stack: [0x56198000,0x561e9000],  sp=0x561e6bbc,  free space=314k

Native frames: (J=compiled Java code, j=interpreted, Vv=VM code, C=native code)

C  [libc.so.6+0x718ec]  unsigned long+0x1c

C  [libzip.so+0xc2fb]  ZIP_GetEntry+0x10b

C  [libzip.so+0x30f9]  Java_java_util_zip_ZipFile_getEntry+0xc9

j  java.util.zip.ZipFile.getEntry(JLjava/lang/String;Z)J+0

j  java.util.zip.ZipFile.getEntry(Ljava/lang/String;)Ljava/util/zip/ZipEntry;+31

j  java.util.jar.JarFile.getEntry(Ljava/lang/String;)Ljava/util/zip/ZipEntry;+2

j  java.util.jar.JarFile.getJarEntry(Ljava/lang/String;)Ljava/util/jar/JarEntry;+2

j  sun.misc.URLClassPath$JarLoader.getResource(Ljava/lang/String;Z)Lsun/misc/Resource;+48

j  sun.misc.URLClassPath.getResource(Ljava/lang/String;Z)Lsun/misc/Resource;+53

j  java.net.URLClassLoader$1.run()Ljava/lang/Object;+26

v  ~StubRoutines::call_stub

V  [libjvm.so+0x3dff01]  JavaCalls::call_helper(JavaValue*, methodHandle*, JavaCallArguments*, Thread*)+0x1c1

V  [libjvm.so+0x5e1298]  os::os_exception_wrapper(void (*)(JavaValue*, methodHandle*, JavaCallArguments*, Thread*), JavaValue*, methodHandle*, JavaCallArguments*, Thread*)+0x18

V  [libjvm.so+0x3dfd2f]  JavaCalls::call(JavaValue*, methodHandle, JavaCallArguments*, Thread*)+0x2f

V  [libjvm.so+0x445b9e]  JVM_DoPrivileged+0x40e

C  [libjava.so+0xaa0c]  Java_java_security_AccessController_doPrivileged__Ljava_security_PrivilegedExceptionAction_2Ljava_security_AccessControlContext_2+0x3c

j  java.security.AccessController.doPrivileged(Ljava/security/PrivilegedExceptionAction;Ljava/security/AccessControlContext;)Ljava/lang/Object;+0

j  java.net.URLClassLoader.findClass(Ljava/lang/String;)Ljava/lang/Class;+13

j  java.lang.ClassLoader.loadClass(Ljava/lang/String;Z)Ljava/lang/Class;+47

j  sun.misc.Launcher$AppClassLoader.loadClass(Ljava/lang/String;Z)Ljava/lang/Class;+41

j  java.lang.ClassLoader.loadClass(Ljava/lang/String;)Ljava/lang/Class;+3

v  ~StubRoutines::call_stub

V  [libjvm.so+0x3dff01]  JavaCalls::call_helper(JavaValue*, methodHandle*, JavaCallArguments*, Thread*)+0x1c1

V  [libjvm.so+0x5e1298]  os::os_exception_wrapper(void (*)(JavaValue*, methodHandle*, JavaCallArguments*, Thread*), JavaValue*, methodHandle*, JavaCallArguments*, Thread*)+0x18

V  [libjvm.so+0x3df775]  JavaCalls::call_virtual(JavaValue*, KlassHandle, symbolHandle, symbolHandle, JavaCallArguments*, Thread*)+0xc5

V  [libjvm.so+0x3df8b2]  JavaCalls::call_virtual(JavaValue*, Handle, KlassHandle, symbolHandle, symbolHandle, Handle, Thread*)+0x62

V  [libjvm.so+0x6b3ff9]  SystemDictionary::load_instance_class(symbolHandle, Handle, Thread*)+0x389

V  [libjvm.so+0x6b1dfe]  SystemDictionary::resolve_instance_class_or_null(symbolHandle, Handle, Handle, Thread*)+0x55e

V  [libjvm.so+0x6b0bc6]  SystemDictionary::resolve_or_null(symbolHandle, Handle, Handle, Thread*)+0x66

V  [libjvm.so+0x6b0830]  SystemDictionary::resolve_or_fail(symbolHandle, Handle, Handle, bool, Thread*)+0x30

V  [libjvm.so+0x2f0e5b]  constantPoolOopDesc::klass_at_impl(constantPoolHandle, int, Thread*)+0x1ab

V  [libjvm.so+0x2f2124]  constantPoolOopDesc::klass_ref_at(int, Thread*)+0x44

V  [libjvm.so+0x531d88]  LinkResolver::resolve_klass(KlassHandle&, constantPoolHandle, int, Thread*)+0x28

V  [libjvm.so+0x535fea]  LinkResolver::resolve_pool(KlassHandle&, symbolHandle&, symbolHandle&, KlassHandle&, constantPoolHandle, int, Thread*)+0x2a

V  [libjvm.so+0x5361c2]  LinkResolver::resolve_invokestatic(CallInfo&, constantPoolHandle, int, Thread*)+0x52

V  [libjvm.so+0x535f5c]  LinkResolver::resolve_invoke(CallInfo&, Handle, constantPoolHandle, int, Bytecodes::Code, Thread*)+0x4c

V  [libjvm.so+0x3d8ae1]  InterpreterRuntime::resolve_invoke(JavaThread*, Bytecodes::Code)+0x211

j  ca.ubc.cs.beta.smac.ac.runs.CommandLineAlgorithmRun.processLine(Ljava/lang/String;)V+88

j  ca.ubc.cs.beta.smac.ac.runs.CommandLineAlgorithmRun.processRunLoop(Ljava/util/Scanner;)V+14

j  ca.ubc.cs.beta.smac.ac.runs.CommandLineAlgorithmRun.run()V+27

j  ca.ubc.cs.beta.smac.ac.runners.SingleThreadedAlgorithmRunner.run()Ljava/util/List;+30

j  ca.ubc.cs.beta.smac.ac.runners.TargetAlgorithmEvaluator.evaluateRun(Ljava/util/List;)Ljava/util/List;+7

j  ca.ubc.cs.beta.rundispatcher.worker.AlgorithmWorker.doWork()V+171

j  ca.ubc.cs.beta.rundispatcher.worker.AlgorithmWorker.main([Ljava/lang/String;)V+112

v  ~StubRoutines::call_stub

V  [libjvm.so+0x3dff01]  JavaCalls::call_helper(JavaValue*, methodHandle*, JavaCallArguments*, Thread*)+0x1c1

V  [libjvm.so+0x5e1298]  os::os_exception_wrapper(void (*)(JavaValue*, methodHandle*, JavaCallArguments*, Thread*), JavaValue*, methodHandle*, JavaCallArguments*, Thread*)+0x18

V  [libjvm.so+0x3dfd2f]  JavaCalls::call(JavaValue*, methodHandle, JavaCallArguments*, Thread*)+0x2f

V  [libjvm.so+0x414274]  jni_invoke_static(JNIEnv_*, JavaValue*, _jobject*, JNICallType, _jmethodID*, JNI_ArgumentPusher*, Thread*)+0x124

V  [libjvm.so+0x40389c]  unsigned+0x14c

C  [java+0x1b98]  JavaMain+0x2c8

C  [libpthread.so.0+0x5832]  signed char+0x5832

 

Java frames: (J=compiled Java code, j=interpreted, Vv=VM code)

j  java.util.zip.ZipFile.getEntry(JLjava/lang/String;Z)J+0

j  java.util.zip.ZipFile.getEntry(Ljava/lang/String;)Ljava/util/zip/ZipEntry;+31

j  java.util.jar.JarFile.getEntry(Ljava/lang/String;)Ljava/util/zip/ZipEntry;+2

j  java.util.jar.JarFile.getJarEntry(Ljava/lang/String;)Ljava/util/jar/JarEntry;+2

j  sun.misc.URLClassPath$JarLoader.getResource(Ljava/lang/String;Z)Lsun/misc/Resource;+48

j  sun.misc.URLClassPath.getResource(Ljava/lang/String;Z)Lsun/misc/Resource;+53

j  java.net.URLClassLoader$1.run()Ljava/lang/Object;+26

v  ~StubRoutines::call_stub

j  java.security.AccessController.doPrivileged(Ljava/security/PrivilegedExceptionAction;Ljava/security/AccessControlContext;)Ljava/lang/Object;+0

j  java.net.URLClassLoader.findClass(Ljava/lang/String;)Ljava/lang/Class;+13

j  java.lang.ClassLoader.loadClass(Ljava/lang/String;Z)Ljava/lang/Class;+47

j  sun.misc.Launcher$AppClassLoader.loadClass(Ljava/lang/String;Z)Ljava/lang/Class;+41

j  java.lang.ClassLoader.loadClass(Ljava/lang/String;)Ljava/lang/Class;+3

v  ~StubRoutines::call_stub

j  ca.ubc.cs.beta.smac.ac.runs.CommandLineAlgorithmRun.processLine(Ljava/lang/String;)V+88

j  ca.ubc.cs.beta.smac.ac.runs.CommandLineAlgorithmRun.processRunLoop(Ljava/util/Scanner;)V+14

j  ca.ubc.cs.beta.smac.ac.runs.CommandLineAlgorithmRun.run()V+27

j  ca.ubc.cs.beta.smac.ac.runners.SingleThreadedAlgorithmRunner.run()Ljava/util/List;+30

j  ca.ubc.cs.beta.smac.ac.runners.TargetAlgorithmEvaluator.evaluateRun(Ljava/util/List;)Ljava/util/List;+7

j  ca.ubc.cs.beta.rundispatcher.worker.AlgorithmWorker.doWork()V+171

j  ca.ubc.cs.beta.rundispatcher.worker.AlgorithmWorker.main([Ljava/lang/String;)V+112

v  ~StubRoutines::call_stub

 

---------------  P R O C E S S  ---------------

 

Java Threads: ( => current thread )

  0x08506c00 JavaThread "Low Memory Detector" daemon [_thread_blocked, id=390, stack(0x9e353000,0x9e3a4000)]

  0x08504800 JavaThread "C2 CompilerThread1" daemon [_thread_blocked, id=388, stack(0x9e2d2000,0x9e353000)]

  0x08502800 JavaThread "C2 CompilerThread0" daemon [_thread_blocked, id=384, stack(0x9e251000,0x9e2d2000)]

  0x08501000 JavaThread "Signal Dispatcher" daemon [_thread_blocked, id=380, stack(0x9e200000,0x9e251000)]

  0x084f0400 JavaThread "Finalizer" daemon [_thread_blocked, id=377, stack(0x9de5f000,0x9deb0000)]

  0x084eec00 JavaThread "Reference Handler" daemon [_thread_blocked, id=371, stack(0x9de0e000,0x9de5f000)]

=>0x083e3800 JavaThread "main" [_thread_in_native, id=323, stack(0x56198000,0x561e9000)]

 

Other Threads:

  0x084eb000 VMThread [stack: 0x9dd8d000,0x9de0e000] [id=367]

  0x08508c00 WatcherThread [stack: 0x9e3a4000,0x9e425000] [id=396]

 

VM state:not at safepoint (normal execution)

 

VM Mutex/Monitor currently owned by a thread: None

 

Heap

 PSYoungGen      total 19136K, used 3315K [0x87dd0000, 0x8a330000, 0x9d320000)

  eden space 16448K, 9% used [0x87dd0000,0x87f62f18,0x88de0000)

  from space 2688K, 63% used [0x89080000,0x8922a0e0,0x89320000)

  to   space 2688K, 0% used [0x88de0000,0x88de0000,0x89080000)

 PSOldGen        total 43712K, used 0K [0x5d320000, 0x5fdd0000, 0x87dd0000)

  object space 43712K, 0% used [0x5d320000,0x5d320000,0x5fdd0000)

 PSPermGen       total 16384K, used 6466K [0x59320000, 0x5a320000, 0x5d320000)

  object space 16384K, 39% used [0x59320000,0x59970b38,0x5a320000)

 

Code Cache  [0x56254000, 0x56494000, 0x59254000)

 total_blobs=217 nmethods=84 adapters=87 free_code_cache=49858560 largest_free_block=12864

 

Dynamic libraries:

004ed000-00507000 r-xp 00000000 08:01 207181                             /lib/ld-2.5.so

00507000-00508000 r-xp 00019000 08:01 207181                             /lib/ld-2.5.so

00508000-00509000 rwxp 0001a000 08:01 207181                             /lib/ld-2.5.so

0050b000-0064a000 r-xp 00000000 08:01 204849                             /lib/libc-2.5.so

0064a000-0064b000 ---p 0013f000 08:01 204849                             /lib/libc-2.5.so

0064b000-0064d000 r-xp 0013f000 08:01 204849                             /lib/libc-2.5.so

0064d000-0064e000 rwxp 00141000 08:01 204849                             /lib/libc-2.5.so

0064e000-00651000 rwxp 0064e000 00:00 0

00653000-00667000 r-xp 00000000 08:01 204884                             /lib/libpthread-2.5.so

00667000-00668000 r-xp 00013000 08:01 204884                             /lib/libpthread-2.5.so

00668000-00669000 rwxp 00014000 08:01 204884                             /lib/libpthread-2.5.so

00669000-0066b000 rwxp 00669000 00:00 0

0066d000-0066f000 r-xp 00000000 08:01 204858                             /lib/libdl-2.5.so

0066f000-00670000 r-xp 00001000 08:01 204858                             /lib/libdl-2.5.so

00670000-00671000 rwxp 00002000 08:01 204858                             /lib/libdl-2.5.so

006b4000-006bb000 r-xp 00000000 08:01 204841                             /lib/librt-2.5.so

006bb000-006bc000 r-xp 00006000 08:01 204841                             /lib/librt-2.5.so

006bc000-006bd000 rwxp 00007000 08:01 204841                             /lib/librt-2.5.so

00764000-00789000 r-xp 00000000 08:01 204890                             /lib/libm-2.5.so

00789000-0078a000 r-xp 00024000 08:01 204890                             /lib/libm-2.5.so

0078a000-0078b000 rwxp 00025000 08:01 204890                             /lib/libm-2.5.so

08048000-08052000 r-xp 00000000 f71:d615a 27820890                       /global/scratch/mavc/software/jre1.6.0_26/bin/java

08052000-08053000 rwxp 00009000 f71:d615a 27820890                       /global/scratch/mavc/software/jre1.6.0_26/bin/java

083dc000-08815000 rwxp 083dc000 00:00 0                                  [heap]

55555000-55556000 rwxp 55555000 00:00 0

55556000-55561000 r-xp 00000000 f71:d615a 27820922                       /global/scratch/mavc/software/jre1.6.0_26/lib/i386/libverify.so

55561000-55562000 rwxp 0000b000 f71:d615a 27820922                       /global/scratch/mavc/software/jre1.6.0_26/lib/i386/libverify.so

55562000-55563000 r-xp 55562000 00:00 0

55563000-55564000 rwxp 55563000 00:00 0

55564000-55566000 r-xs 00005000 f71:d615a 22021395                       /global/scratch/hutter/experiments/rundispatcher/slf4j-api-1.6.4.jar

55566000-55569000 r-xs 00025000 f71:d615a 22021405                       /global/scratch/hutter/experiments/rundispatcher/commons-io-2.1.jar

55569000-55570000 r-xp 00000000 f71:d615a 27820925                       /global/scratch/mavc/software/jre1.6.0_26/lib/i386/jli/libjli.so

55570000-55572000 rwxp 00006000 f71:d615a 27820925                       /global/scratch/mavc/software/jre1.6.0_26/lib/i386/jli/libjli.so

55572000-55574000 rwxp 55572000 00:00 0

55574000-55d26000 r-xp 00000000 f71:d615a 27820908                       /global/scratch/mavc/software/jre1.6.0_26/lib/i386/server/libjvm.so

55d26000-55d7a000 rwxp 007b1000 f71:d615a 27820908                       /global/scratch/mavc/software/jre1.6.0_26/lib/i386/server/libjvm.so

55d7a000-56198000 rwxp 55d7a000 00:00 0

56198000-5619b000 ---p 56198000 00:00 0

5619b000-561e9000 rwxp 5619b000 00:00 0

561e9000-5620c000 r-xp 00000000 f71:d615a 27820923                       /global/scratch/mavc/software/jre1.6.0_26/lib/i386/libjava.so

5620c000-5620e000 rwxp 00023000 f71:d615a 27820923                       /global/scratch/mavc/software/jre1.6.0_26/lib/i386/libjava.so

5620e000-56216000 rwxs 00000000 08:03 9543683                            /tmp/hsperfdata_seramage/302

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ffa1e000-ffa34000 rwxp 7ffffffe9000 00:00 0                              [stack]

ffffe000-fffff000 r-xp ffffe000 00:00 0

 

VM Arguments:

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Launcher Type: SUN_STANDARD

 

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USERNAME=

LD_LIBRARY_PATH=/global/scratch/mavc/software/jre1.6.0_26/lib/i386/server:/global/scratch/mavc/software/jre1.6.0_26/lib/i386:/global/scratch/mavc/software/jre1.6.0_26/../lib/i386:/global/home/seramage/MATLAB/MATLAB_Compiler_Runtime/v713/runtime/glnx86:/global/home/seramage/MATLAB/MATLAB_Compiler_Runtime/v713/sys/os/glnx86:/global/home/seramage/MATLAB/MATLAB_Compiler_Runtime/v713/sys/java/jre/glnx86/jre/lib/i386/native_threads:/global/home/seramage/MATLAB/MATLAB_Compiler_Runtime/v713/sys/java/jre/glnx86/jre/lib/i386/server:/global/home/seramage/MATLAB/MATLAB_Compiler_Runtime/v713/sys/java/jre/glnx86/jre/lib/i386:/global/home/seramage/MATLAB/MATLAB_Compiler_Runtime/v713/runtime/glnx86:/global/home/seramage/MATLAB/MATLAB_Compiler_Runtime/v713/sys/os/glnx86:/global/home/seramage/MATLAB/MATLAB_Compiler_Runtime/v713/sys/java/jre/glnx86/jre/lib/i386/native_threads:/global/home/seramage/MATLAB/MATLAB_Compiler_Runtime/v713/sys/java/jre/glnx86/jre/lib/i386/server:/global/home/seramage/MATLAB/MATLAB_Compiler_Runtime/v713/sys/java/jre/glnx86/jre/lib/i386:

SHELL=/bin/bash

 

Signal Handlers:

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SIGXFSZ: [libjvm.so+0x5dff20], sa_mask[0]=0x7ffbfeff, sa_flags=0x10000004

SIGILL: [libjvm.so+0x5dff20], sa_mask[0]=0x7ffbfeff, sa_flags=0x10000004

SIGUSR1: SIG_DFL, sa_mask[0]=0x00000000, sa_flags=0x00000000

SIGUSR2: [libjvm.so+0x5e3160], sa_mask[0]=0x00000000, sa_flags=0x10000004

SIGHUP: [libjvm.so+0x5e2d40], sa_mask[0]=0x7ffbfeff, sa_flags=0x10000004

SIGINT: [libjvm.so+0x5e2d40], sa_mask[0]=0x7ffbfeff, sa_flags=0x10000004

SIGTERM: [libjvm.so+0x5e2d40], sa_mask[0]=0x7ffbfeff, sa_flags=0x10000004

SIGQUIT: [libjvm.so+0x5e2d40], sa_mask[0]=0x7ffbfeff, sa_flags=0x10000004

 

 

---------------  S Y S T E M  ---------------

 

OS:Red Hat Enterprise Linux Server release 5.5 (Tikanga)

 

uname:Linux 2.6.18-194.el5 #1 SMP Fri Apr 2 14:58:14 EDT 2010 x86_64

libc:glibc 2.5 NPTL 2.5

rlimit: STACK infinity, CORE 0k, NPROC 199679, NOFILE 32768, AS infinity

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/proc/meminfo:

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LowFree:      21546860 kB

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Hugepagesize:     2048 kB

 

 

CPU:total 12 (6 cores per cpu, 2 threads per core) family 6 model 44 stepping 2, cmov, cx8, fxsr, mmx, sse, sse2, sse3, ssse3, sse4.1, sse4.2, popcnt, ht

 

/proc/cpuinfo:

processor       : 0

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vendor_id       : GenuineIntel

cpu family      : 6

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model name      : Intel(R) Xeon(R) CPU           X5650  @ 2.67GHz

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fpu_exception   : yes

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bogomips        : 5331.85

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bogomips        : 5331.83

clflush size    : 64

cache_alignment : 64

address sizes   : 40 bits physical, 48 bits virtual

power management: [8]

 

processor       : 3

vendor_id       : GenuineIntel

cpu family      : 6

model      : 44

model name      : Intel(R) Xeon(R) CPU           X5650  @ 2.67GHz

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vm_info: Java HotSpot(TM) Server VM (20.1-b02) for linux-x86 JRE (1.6.0_26-b03), built on May  4 2011 01:04:10 by "java_re" with gcc 3.2.1-7a (J2SE release)

 

time: Thu May 17 15:11:28 2012

elapsed time: 3522 seconds